江蘇省藥學會前身南京藥學會，于1951年2月14日成立，1954年改為中國藥學會南京分會，1962年將中國藥學會南京分會易名為中國藥學會江蘇分會。2002年召開了第六屆會員代表大會，選舉了毛季琳同志為理事長，陳振飛為秘書長新的一屆理事會，共73名理事。
學會設有組織、學術、科普培訓、財務監(jiān)察工作委員會；有《江蘇藥學與臨床研究》編輯部；共有八個專業(yè)委員會即：藥劑、醫(yī)院藥學、藥化、藥分、中藥與天然藥物、藥學史、醫(yī)藥生物技術、藥事管理。
2008年5月26日在南京召開了江蘇省藥學會第七次會員代表大會，選舉產生了以江蘇省食品藥品監(jiān)督管理局姚新中副局長為理事長的第七屆理事會，大會號召全體會員在新一屆理事會的領導下，堅持馬克思列寧主義、毛澤東思想、鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，全面落實科學發(fā)展觀，堅持科學技術是第一生產力的思想，團結和組織全省藥學工作者，實施科教興省和可持續(xù)發(fā)展的戰(zhàn)略，推進藥學科學技術的普及和提高，促進藥學科技與經濟建設相結合，為我省經濟建設服務，為我省藥品監(jiān)督管理工作服務，為會員和全省藥學工作者服務，為保障人民身體健康、構建社會主義和諧社會服務。
本屆理事會下設：組織工作委員會；學術、科普和培訓工作委員會；財務監(jiān)察工作委員會等三個工作委員會和學會辦公室及《藥學與臨床研究》編輯部。下設：藥劑專業(yè)委員會；醫(yī)院藥學專業(yè)委員會；藥物化學專業(yè)委員會；藥物分析專業(yè)委員會；中藥與天然藥物專業(yè)委員會；藥學史專業(yè)委員會；醫(yī)藥生物技術專業(yè)委員會;藥事管理專業(yè)委員會; 執(zhí)業(yè)藥師專業(yè)委員會、藥物不良反應專業(yè)委員會和感染藥學專業(yè)委員會等十一個專業(yè)委員會。