建所20周年之際的1998年4月原中國科學院廣州人造衛星觀測站并入。并被中國科學院定位為中國科學院高新技術研究與發展基地型研究所，2001年6月進入中國科學院知識創新工程試點序列。
根據國家能源戰略需求和中科院新時期辦院方針和發展戰略，從注重上游和下游相結合、長期和短期相結合、全面和重點相結合、傳統學科和新增學科相結合考慮，設置三個不同層面的發展學科：新發展學科、面發展學科和點發展學科。  
      新發展學科的目標是根據國家發展戰略需求和科學技術發展需求以及研究所長遠發展需要，部署新的發展學科和方向，并選擇適當的切入點取得突破，逐步成為研究所的新的學科增長點。
面發展學科的目標是從資源到利用形成全面的、系統的前沿基礎理論、關鍵技術創新和技術集成創新體系，成為具有國際水平的的學科研究與技術開發平臺，為我國的后續能源發展提供理論、技術支撐。
點發展學科的目標是在學科內的某一研究方向上形成具有自主知識產權的理論和技術，成為具有國際水平，并在國家層面能夠占有一席之地的科研基地。
廣州科凌新技術有限公司成立于1999年，廣東省高新技術企業，源自中國新能源技術殿堂——中國科學院廣州能源研究所。依托擁有太陽能利用“中華之最”的中國科學院廣州能源研究所（重點科研機構）強大的技術背景，10年來一直專注于太陽能和空氣能等節能產品的開發、生產和推廣。
中科科凌所銷售的太陽能應用系列產品、空氣能熱水器系列產品，廣泛用于家庭、賓館、學校、醫院、工廠、別墅、機關、道路等場所。因其科學美觀的內外設計、先進完備的功能、低廉的運行和維護成本、可靠的安全性能以及突出的環保功效，深得用戶的肯定。
中科科凌秉承以技術支撐品質，以服務贏得口碑為宗旨，始終如一的把用戶的需求作為產品的發展方向，把顧客滿意作為檢驗我們工作得失的標準。我們的注冊商標＂中科科凌＂，經過多年的推廣，已成為太陽能行業強勢品牌。
中科科凌系列產品擁有國家、科學院、省（部、市）級研究成果25項，專利11項，其中銅管鋁翼是國內外太陽能界公認的平板板芯結構，獲得了國家發明專利。中科科凌產品曾榮獲第5屆中國科技新產品和名優產品博覽會金獎，是建設部中國建筑協會推薦產品、廣州市建委推薦產品。中科科凌系列產品已遠銷美國、新西蘭、澳大利亞、泰國、香港等國家和地區。